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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  33 lines
  1. *************************
  2. * Ependymins signatures *
  3. *************************
  4.  
  5. Ependymins [1,2] are the predominant proteins in the cerebrospinal fluid (CSF)
  6. of teleost fish. They have been implicated in the neurochemistry of memory and
  7. neuronal regeneration.  They are  glycoproteins of  about 200 amino acids that
  8. can bind calcium.  Four cysteines are  conserved that  probably form disulfide
  9. bonds.
  10.  
  11. We developed two signature patterns for ependymins.  The first one corresponds
  12. to a well conserved region located between two conserved N-glycosylation sites
  13. and which  include a conserved cysteine residue. The second pattern is located
  14. in the C-terminal section and also includes one of the conserved cysteines.
  15.  
  16. -Consensus pattern: F-E-E-G-x-[LIVMF]-Y-[ED]-I-D-x(2)-N-[QE]-S-C-[RKH](2)
  17.                     [C may be involved in a disulfide bond]
  18. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  19. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  20.  
  21. -Consensus pattern: [QE]-[LIVM]-F-x(2)-P-[STA]-[FY]-C-[DE]-[GA]-[LIVM]-x(2)-
  22.                     [DE](2)
  23.                     [C may be involved in a disulfide bond]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Last update: October 1993 / First entry.
  28.  
  29. [ 1] Shashoua V.E.
  30.      Ann. N.Y. Acad. Sci. 627:94-114(1991)
  31. [ 2] Mueller-Schmid A., Ganss B., Gorr T., Hoffmann W.
  32.      J. Mol. Evol. 36:578-585(1993).
  33.